Tarix fanlari doktori, professor M.A. Babaxodjayev 1929-yil 31-oktyabrda Surxondaryo viloyatining Termiz shahrida tavallud topgan. Olim 1951-yilda Toshkent davlat universitetining sharq fakultetini tamomlagan. 2008-yil vafot etgan.
M.A. Babaxodjayev 1951-yildan 1954-yilgacha Oʻzbekiston Fanlar akademiyasi Sharqshunoslik instituti aspiranturasida tahsil olgan. 1954–1955-yillarda Oʻzbekistonning Moskva shahridagi doimiy vakolatxonasida maslahatchi lavozimida ishlagan. 1956-yildan 1960-yilgacha Moskva shahrida sobiq ittifoq Fanlar akademiyasi Sharqshunoslik institutida kichik ilmiy xodim, 1960–1971-yillar davomida Oʻzbekiston Respublikasi Fanlar akademiyasi Sharqshunoslik instituti katta ilmiy xodimi, 1971–1994-yillarda boʻlim mudiri, 1994–1999-yillarda yetakchi ilmiy xodim, 1999-yildan 2008-yilga qadar Toshkent davlat sharqshunoslik instituti “Markaziy Osiyo xalqlari tarixi” kafedrasi professori lavozimlarida mehnat qilgan.
M.A. Babaxodjayev 1956-yil Moskva shahrida “Borba afganskogo naroda protiv angliyskix zaxvatchikov” mavzusida nomzodlik dissertatsiyasini, 1976-yilda “Osnovnie problemi evolyutsii afganskogo gosudarstva (konets XIX v.)” mavzusida doktorlik dissertatsiyasini himoya qilgan.
M.A. Babaxodjayev 100 dan ortiq kitoblar, monografiyalar, ilmiy risolalar, ilmiy va ilmiy-ommabop maqolalar muallifi hamdir. Bundan tashqari, u 10 ga yaqin ilmiy toʻplamlarning masʼul muharriri va mualliflaridan biri.
Shuningdek, olimning koʻplab maqolalari hamda ilmiy asarlari rus, fors, hind, afgʻon tillariga tarjima qilingan va chop etilgan (masalan, “Borba Afganistana za nezavisimost” (Moskva, 1960), “Russko-afganskie torgovo-ekonomicheskie otnosheniya vo vtoroy polovine XVIII - nachale XX vekov” (Kabul, 1965), “Ocherki sotsialno-ekonomicheskoy i politicheskoy istorii Afganistana (konets XIX veka)” (Kabul, 1975), “Respublika Uzbekistan: ocherki mejnatsionalnix i mejkonfessionalnix otnosheniy, vneshneekonomicheskoy svyazi” (Toshkent, 1996), “Suverenniy Uzbekistan” (voprosi vnutrenney i vneshneekonomicheskoy politiki) (Toshkent, 2003).
M.A. Babaxodjayev oʻzining ilmiy maktabini yaratgan olim edi. Uning rahbarligida 15 nafar fan nomzodlari va doktorlari tayyorlangan (T. Abayeva, A. Isaxoʻjayev, O. Starodubova, N. Joʻraboyev, R. Rajabov, A. Gʻofurov va boshqalar). Bir qator shogirdlari chet mamlakatlarning ilmiy muassasalarida faoliyat koʻrsatmoqdalar.
Olim M.A. Babaxodjayev 2000-yilda samarali mehnatlari uchun “Oʻzbekiston Respublikasida xizmat koʻrsatgan yoshlar murabbiysi” faxriy unvoniga sazovor boʻlgan
