Tarix fanlari doktori M. H. Isomiddinov 1946-yil 26-dekabrda Fargʻona viloyati Quvasoy tumanidagi Qoʻchqorchi qishlogʻida tugʻilgan. 1968-yili Fargʻona davlat pedagogika institutining tarix-geografiya fakultetini tugatgan.
M. H. Isomiddinov 1971-yilardan boshlab Oʻzbekistan Fanlar akademiyasi Arxeologiya institutida stajyor-tadqiqotchi lavozimida ishlab, 1972-yilda oʻzining harbiy xizmat vazifasini ado etadi. 1973–1975-yillarda sobiq SSSR Fanlar akademiyasi Arxeologiya instituti Leningrad boʻlimida stajyor-tadqiqotchi va 1975–1978-yillari shu institutning aspiranturasiga oʻqishga kirib, 1979-yilda shu institutning ilmiy Kengashida “Janubiy Sugʻdning qadimgi va ilk oʻrta asrlardagi kulolchiligi” mavzusidagi dissertatsiyani A. M. Belenitskiy rahbarligida himoya qiladi.
1973–1987-yillari Qarshi vohasidagi Yerqoʻrgʻon, Qalʼai Zohaki Maron, Shulluktepa, Isaboytepa, Kosontepa kabi yodgorliklarni qazish ishlarida bevosita ishtirok etadi. 1980–1983-yillari Namangan viloyatining arxeologik yodgorliklari majmuasini tuzishga bosh-qosh boʻladi.
1988-yildan Samarqand vohasini oʻrganish uchun oʻzbek-fransuz ekspeditsiyasi tashkil etilishi munosabati bilan shu ekspeditsiyaning Oʻzbekiston tomoni rahbari etib tayinlanadi va Samarqand vohasidagi Afrosiyob, Koʻktepa, Qashqadaryoning yuqori oqimidagi Sangirtepa kabi yodgorliklarni qazishda ishtirok etadi.
M. H. Isomiddinov 2000-yilda “Samarqand Sugʻdining qadimgi shaharsozlik madaniyatining izlari” mavzusidagi doktorlik dissertatsiyasini himoya qiladi. Oʻrta Osiyoda qadimgi dehqonchilik madaniyatining paydo boʻlishi va rivojlanishining bosqichlari, qadimgi va oʻrta asrlardagi shaharsozlik, hunarmandchilikning taraqqiyoti masalalari, arxeologik obidalarni saqlash va ularni himoyalash – olimning ilmiy yoʻnalishi hisoblanadi.
M. H. Isomiddinov Oʻzbekiston Fanlar akademiyasi Tarix instituti qoshidagi yagona ixtisoslashgan doktorlik va Oʻzbekiston Fanlar akademiyasi Arxeologiya instituti qoshida tashkil etilgan arxeologiya boʻyicha doktorlik dissertatsiyalari himoyalari Kengashlarining aʼzosidir.
Olim 6 ta monografiya va 150 dan ortiq ilmiy maqolalarning muallifidir.
